ANÁLISE COMPUTACIONAL DO SÍTIO ATIVO DA ENZIMA LASPARAGINASE DE Erwinia rhapontici

Resumo

Introdução: As asparaginases são amplamente distribuídas na natureza, de bactérias a mamíferos, e desempenham uma função central no metabolismo e utilização de aminoácidos. Através desta enzima a asparagina é hidrolisada em aspartato, que então é transaminado em oxaloacetato, um intermediário no ciclo de Krebs. Por isso, as asparaginases são importantes para manter o equilíbrio de nitrogênio e os níveis de aminoácidos dentro células, níveis estes que são indispensáveis para o crescimento do organismo. Objetivo: Realizar análise computacional do sítio ativo de asparaginase tipo I de Erwinia rhapontici. Material e métodos: Foi realizada uma busca a partir da sequência FASTA (genebank id ID: AGB58265.1) da L asparaginase tipo I de Erwinia rhapontici no Protein Data Bank - PDB, para aquisição de um molde proteíco. Posteriormente foi realizado o alinhamento entre as sequências alvo e molde. Foram construídos cinco modelos proteicos no progama modeller 9v8, sendo estes submetidos à validação através do gráfico de Ramachandran, QMEAN, Prosa e ProQ. Resultados: Foi escolhido o PDB 2P2N para ser utilizado como referência para gerar os candidatos a fármaco, sendo construído diversos modelos, validados e escolhido aquele com melhores resultados. O modelo proposto possui 337 aminoácidos, sendo sua estrutura secundária caracterizada por 11 ẞ-folhas, 10 α-hélices e 21 loops, todos equivalentes às estruturas do modelo de referência (2P2N). O sítio ativo é composto de díade de treonina nas posições 14 e 91 no modelo de referência em posições equivalentes no modelo construído. Conclusão: A partir dos estudos computacionais realizados, mostrou-se que a asparaginase tipo I de Erwinia rhapontici se mantém estruturalmente conservada, sugerindo a garantia da sua função no mecanismo catalítico da asparagina, onde participa regulando níveis intracelulares de nitrogênio e aminoácidos celulares. Estudos adicionais de acoplamento e dinâmica molecular devem ser realizados para observar se ocorrem interações no complexo enzima-substrato.