PROSPECÇÃO E VALIDAÇÃO IN SILICO DE MARCADORES MICROSSATÉLITES PLASTIDIAIS EM NOGUEIRA-PECÃ
DOI:
https://doi.org/10.51189/rema/3188Palavras-chave:
CLOROPLASTOS, CPDNA, MARCADORES SSR, PLASTOMA, SEQUENCIAMENTO DE DNAResumo
Introdução: A nogueira-pecã (Carya illinoinensis) pertence à família Juglandaceae, e tem distribuição natural predominante nas regiões temperadas do Hemisfério Norte. O interesse pelos seus frutos tem apresentado um crescimento exponencial no Brasil e outros países, especialmente por seu alto valor nutricional. Além disso, é uma opção de renda para agricultores familiares, devido ao seu potencial de uso em monocultivo, integrada a outros sistemas de cultivo ou em áreas de reserva legal, principalmente no sul do Brasil. Devido à carência de informações genéticas e em decorrência da falta de controle de polinização e de registro de coleta de propágulos nos pomares, os materiais genéticos em cultivo, geralmente, não têm procedência completamente conhecida. Nesse sentido, a caracterização genética a partir de marcadores moleculares pode solucionar esse problema, identificando e distinguindo cultivares e propiciando, as bases para o planejamento de um eventual programa de melhoramento genético da espécie. Objetivos: O presente trabalho objetivou prospectar e validar in silico marcadores moleculares microssatélites plastidiais da nogueira-pecã a partir do genoma do cloroplasto da cultivar Imperial, sequenciado e caracterizado por nosso grupo. Material e métodos: A prospecção de microssatélites e o desenho de iniciadores foi realizada com auxílio do software SSRLocator. A validação in silico dos loci microssatélite prospectados foi realizada com o software SPCR, através da amplificação virtual no genoma plastidial de cinco diferentes cultivares de nogueira pecã (Imperial, Pawnee, Lakota e MX87) disponíveis no GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/). Resultados: Foram prospectados 12 loci no genoma plastidial da cultivar Imperial (seis dímeros, quatro trímeros e dois tetrâmeros). Após a validação in silico, que avalia se os iniciadores amplificam produtos únicos dentro do tamanho esperado de acordo com os dados provenientes da prospecção, 10 loci foram considerados ótimos e aptos a serem sintetizados para teste. Esses 10 loci apresentaram produtos amplificados in silico em todas as cultivares testadas. Esses marcadores possuem potencial emprego em análises de diversidade genética, na identificação de cultivares e para inciativas visando o melhoramento dessa espécie. Conclusão: Este é o primeiro estudo de desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites plastidiais espécie-específico para C. illinoinensis com potencial aplicabilidade para gerar informações a respeito da diversidade genética entre as cultivares da espécie.
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